[1] La especie L. neglectus fue descrita por primera vez por el ornitólogo estadounidense Robert Ridgway en 1909 bajo el nombre científico Picolaptes affinis neglectus; la localidad tipo es «Coliblanco, Costa Rica».
[3] El nombre genérico masculino «Lepidocolaptes» se compone de las palabras del griego «λεπις lepis, λεπιδος lepidos»: escama, floco, y «κολαπτης kolaptēs»: picador; significando «picador con escamas»;[6] y el nombre de la especie «neglectus», del latín: ignorado, negligenciado.
[7] Con base en datos genéticos, aparentemente está hermanada, junto a Lepidocolaptes affinis, con Lepidocolaptes lacrymiger y L. leucogaster;[8][9] se los separa con base en diferencias de plumaje y vocalización, a pesar de que las características vocales tienen que ser analizadas más en detalle.
[10] La presente especie es tratada como conespecífica con el trepatroncos coronipunteado norteño (Lepidocolaptes affinis), pero algunas clasificaciones, como Aves del Mundo (HBW) y Birdlife International (BLI), la consideran como una especie separada, con base en diferencias morfológicas y completamente diferente vocalización.
Las principales diferencias apuntadas por HBW para justificar la separación son: el barbijo y la garganta completamente de color más beige; las estrías de la parte inferior más anchas, más largas y más brillantes, extendiéndose más obviamente hasta el vientre; y el canto, enteramente diferente, una larga nota nasal bien arrastrada, seguida de un trinado rápido de unas 20 a 30 notas, que suben y bajan ligeramente de tono.