Durante los años 1880, las medidas de laicización adoptadas por los republicanos en la estela del positivista Jules Ferry, el anticlericalismo desplegado por los radicales así como el impulso del pensamiento materialista, muy presente sobre todo en el movimiento socialista emergente, hicieron temer a algunos franceses la perspectiva de una sociedad sin Dios.
Es esta última categoría a la que pertenecen los filósofos Adolphe Franck y Charles Waddington, que crearon la Liga Nacional contra el Ateísmo en la primavera de 1886 y tomaron respectivamente la presidencia y la vicepresidencia con la ayuda del representante de comercio y publicista F. Martin-Ginouvier, que aseguró la dirección.
En los años 1890, una parte importante de sus miembros se adhiere igualmente a la Liga Popular para el Descanso Dominical en Francia así como a una liga por la decencia, la Sociedad Central de Protesta contra la Licencia de las Calles.
[12] Cuando este último murió a su vez en 1901, fue reemplazado por el ensayista Anatole Leroy-Beaulieu, también miembro del Instituto.
En 1905, algunas semanas antes de la separación Iglesia-Estado, Leroy-Beaulieu envió a varios periódicos un comunicado en el que criticaba severamente el programa del congreso parisiense del librepensamiento.