Luego de eso, se preparan para el vuelo en un avión viejo reparado por los pingüinos y logran despegar exitosamente.
Allí, Alex se reencuentra con sus padres, a quienes había perdido hace años, y logra pasar los ritos de madurez para pertenecer a la manada oficialmente, pero fracasa al decir una frase considerada ridícula ("Me gusta la sopa").
Melman descubre que está enamorado de Gloria y le pide ayuda al rey Julien para demostrarle que Moto Moto no solo la quiere a ella, sino también a otras mujeres.
En cada una de ellas hay diferentes misiones por completar: Alex, Marty, Melman y Gloria son los principales personajes que se pueden usar.
Asimismo, en el nivel Perseguir al Convoy se conduce una camioneta usada por los pingüinos.
Al igual que en el videojuego de la primera película, existe un tótem para cambiar a los personajes principales (presentes en Bienvenido a África, El Pozo y Ritos de Madurez).
Estos puedes utilizarse en la tienda Duty Free, donde se puede comprar una galería de monos (para todos los monos obreros que se recogen a lo largo del videojuego), ampliaciones para los minijuegos, accesorios para los animales, entre otros.