María Ana Josefa era hija del emperador Fernando III y su tercera esposa, la princesa Leonor Gonzaga-Nevers.
A causa del matrimonio con la hija del emperador, Juan Guillermo en 1679 obtuvo el título de duque de Jülich y Berg.
El matrimonio fue celebrado por el Arzobispo Leopoldo Carlos von Kollonitsch y para conmemorar el acontecimiento, su cuñada, la emperatriz Leonor erigió una columna mariana en la plaza principal de Wiener Neustadt.
Después de su matrimonio con la archiduquesa, Juan Guillermo comenzó a tener su lujosa corte en Dusseldorf.
De este matrimonio nacieron en 1683 y 1686, dos hijos, que permanecieron sin nombre, pues ambos vivieron un solo día.