Se fogueó en las campañas del norte contra las fuerzas revolucionarias en 1859, participando en las batallas de Los Loros y Cerro Grande.
Posteriormente sirvió en Arauco a las órdenes del coronel Cornelio Saavedra durante siete años, siendo luego destinado a prestar servicios en Santiago de Chile.
Sin embargo, Cáceres había huido al norte tras esparcir desinformación de que volvería al sur.
Camino al norte, Cáceres fue derrotado por Alejandro Gorostiaga en la Batalla de Huamachuco.
En 1887 fue designado inspector general del Ejército y simultáneamente director de la Academia de Guerra hasta 1889, fecha en la que renuncia a sus cargos y se alinea con las fuerzas revolucionarias del Congreso, lo que hace efectivo en 1891.