Fue la única mujer de entre las personas arrestadas, juzgadas y condenadas en 2003 a prisión por "atentar contra la independencia y la integridad territorial del Estado y por conspirar con Estados Unidos, junto con otros setenta y cuatro ciudadanos cubanos en lo que pasaría a conocerse como el "grupo de los 75".
En el año 1994 creó el Instituto Cubano de Economistas Independientes y en 1997 junto a René Gómez Manzano, Vladimiro Roca Antúnez y Félix Bonne Carcassés funda el Grupo de Trabajo de la Disidencia Interna para analizar la Situación Socio-Económica Cubana grupo responsable de crear el papel La Patria es de Todos,[3] un análisis sobre el Quinto Congreso del Partido Comunista Cubano de ese año.
Amnistía Internacional declaró a los cuatro prisioneros de conciencia.
En el año 2002, Martha Beatriz Roque creó la Asamblea para Promover la Sociedad Civil Cubana, una coalición que reúne más de 300 organizaciones democráticas en ese país.
Actualmente mantiene una profunda diferencia con la opositora Rosa María Paya Acevedo, hija del ex disidente Oswaldo Paya, acusándola de lucrar con la memoria de su padre y realizar activismo en el exterior, protegida así de las represiones del Gobierno cubano.