Los realistas mandaron tropas para contener a los patriotas por lo que Cartagena envió sus lanchas cañoneras al mando de Aldao y Rafael Castillo y Rada, quienes los obligaron a replegarse permitiendo la incorporación de esos pueblos a la Provincia de Cartagena.
Matías Aldao se plegó al movimiento emancipador desempeñándose como segundo jefe de la escuadra revolucionaria en operaciones en el Río Magdalena en la consecuente guerra entre Santa Marta y Cartagena.
Se desempeñó como comandante de las fuerzas sutiles apostadas en Barranquilla hasta que fue reemplazado por enfermedad por Rafael Tono Llopiz.
Por su compromiso con la causa patriota independentista fue condenado a muerte en ausencia por un tribunal naval español.
Tras desempeñar una misión diplomática durante el gobierno de Bernardino Rivadavia en relación con Cartagena, Matías Aldao falleció en 1824.