Después de encontrar esta subestructura, Subdue comprime el grafo y puede iterar repitiendo este proceso.
Subdue tiene la capacidad de realizar un macheo inexacto que permite descubrir subestructuras con pequeñas variaciones.
Otra característica importante de Subdue es que permite utilizar conocimiento previo representado como subestructuras predefinidas.
La manera en que Subdue maneja el macheo inexacto es asignando un costo a cada diferencia que encuentra en la nueva instancia y lleva un registro del costo total de las diferencias de la nueva instancia con respecto a la original.
De esta forma genera nuevas subestructuras que podrían considerarse para expansión.
En este caso, el usuario provee subestructuras de conocimiento previo como entrada a Subdue.