El toponímico Muxupip significa en idioma maya "pan enterrado".
Se sabe, sin embargo, que durante la colonia estuvo bajo el régimen de las encomiendas conociéndose que había una establecida en 1579.
Declarada la independencia de Yucatán, el pueblo de Muxupip formó parte del Partido de Motul hasta el año de 1927, en que se erigió cabecera del municipio libre del mismo nombre.
En Muxupip se encuentra un templo en el que se venera a Santiago y la capilla de la Santa Cruz (ambas construcciones que datan del siglo XVII).
También hay un viejo "casco" de una ex-hacienda henequenera llamada Catzmil.