San Juan Koop es una localidad, comisaría del municipio de Muxupip en el estado de Yucatán localizado en el sureste de México.
El nombre (San Juan Koop) hace referencia a Juan el apóstol y koop proviene del idioma maya.
Tuvo su esplendor durante la época del auge henequenero y emitió fichas de hacienda las cuales por su diseño son de interés para los numismáticos.
Dichas fichas acreditan la hacienda como propiedad de A.M.
[6] Según el censo de 2005 realizado por el INEGI, la población de la localidad era de 311 habitantes, de los cuales 149 eran hombres y 162 eran mujeres.