Neuronas serotoninérgicas se encuentran en todo el núcleo dorsal del rafe y tienden a ser más grande que las otras células.
[3] Se ha demostrado que el diez por ciento de los axones del núcleo dorsal del rafe de la rata es proyección para la amígdala,[4] mientras que sólo las células medianas parecen proyección para el núcleo caudado y el putamen y el bulbo olfatorio.
[5][6] El núcleo dorsal del rafe también ha sido implicado en la retirada de morfina inducida por naloxona.
Es muy posible que la carga se extendienda al núcleo del rafe magno e inducida analgesia sobre las ratas.
Los neurotransmisores de estos tres núcleos mencionados, que se proyectan al hipotálamo lateral, son la serotonina, la noradrenalina y la histamina, respectivamente.