[2] El núcleo troclear está situado en el mesencéfalo caudal rostral, a nivel intercolicular entre el colículo superior y el colículo inferior.
[3] Como todos los núcleos motores de los nervios craneales, está situado cerca de la línea media (es decir, en el mesencéfalo medial).
El núcleo troclear es único en el sentido de que sus axones discurren dorsalmente y cruzan la línea media en la decusación troclear (situada en el velo medular superior) en el mesencéfalo antes de emerger del tronco encefálico posterior/dorsalmente.
Una lesión del núcleo troclear afecta al ojo contralateral, mientras que las lesiones de los demás núcleos craneales afectan al lado ipsilateral.
[2] El mesencéfalo recibe su riego sanguíneo arterial de la arteria cerebral posterior, la arteria cerebelosa superior y la arteria basilar; la interrupción del flujo sanguíneo a través de cualquiera de estos vasos puede interrumpir el suministro de sangre al núcleo troclear.