La National Soccer League 1998-99 fue el vigésimo tercero campeonato de la National Soccer League, la liga de fútbol profesional en Australia.
Durante la temporada regular, los clubes disputaron 28 partidos, siendo el Sydney United el que más puntos acumuló, con un total de 58, seguido por el South Melbourne con 57.
[2] Los seis primeros equipos con mejores puntajes clasificaron a una fase eliminatoria, para definir a los dos finalistas del certamen.
[2] En esta edición, South Melbourne y el Sydney United fueron los dos clubes que llegaron a la final.
[3] El partido finalizó 3-2 a favor del South Melbourne, con goles de Trimboli al minuto 53 y Anastasiadis en el 63 y 87; en el equipo adversario descontó descontó Sterjovski y Townsend.