La National Soccer League 1999-00 fue el vigésimo cuarto campeonato de la National Soccer League, la liga de fútbol profesional en Australia.
Durante la temporada regular, los clubes disputaron 34 partidos, siendo el Perth Glory el que más puntos acumuló, con un total de 64, seguido por el South Coast Wolves con 60.
El Perth Glory y Wollongong Wolves fueron los dos clubes que llegaron a la final.
[3] En la tanda desde el punto penal, los de Perth Glory erraron tres disparos, mientras que el equipo adversario solo falló en dos ocasiones.
El máximo anotador del certamen fue Damian Mori con 22 goles.