El Tratado soviético-lituano fue descrito por The New York Times como un "sacrificio virtual de la independencia".
Finlandia fue el único estado que rechazó tal tratado y eso provocó la guerra de Invierno.
Al día siguiente, se emitieron ultimátums idénticos a Letonia y Estonia.
Para convertir a los pequeños campesinos en contra de los grandes terratenientes, no se introdujo la colectivización en Lituania.
[15] En preparación para la eventual colectivización, se promulgaron nuevos impuestos entre el 30% y el 50% de la producción agrícola.
[12] La litas lituana se depreció artificialmente a 3-4 veces su valor real y fue retirada en marzo de 1941.
[15] Antes de las elecciones al Parlamento Popular, los soviéticos arrestaron a unos 2.000 destacados activistas políticos.
Los primeros ataques los llevó a cabo la Luftwaffe contra ciudades lituanas y se cobraron la vida de unos 4.000 civiles.
Los alemanes avanzaron rápidamente, encontrando solo una resistencia esporádica de los soviéticos y la ayuda de los lituanos, que los veían como liberadores y esperaban que los alemanes restablecieran su independencia o al menos su autonomía.
Kazys Škirpa, líder del LAF, se había estado preparando para el levantamiento desde al menos marzo de 1941.
El Gobierno organizó fuerzas voluntarias, conocidas como Tautinio Darbo Apsaugos Batalionas (TDA), para que sirvieran de base para el restablecido ejército lituano, aunque estos pronto fueron empleados por el Einsatzkommando 3 y el Rollkommando Hamann para ejecuciones masivas de judíos lituanos en el Fuerte Noveno.
En ese momento, unidades rebeldes lideradas por el infame Algirdas Klimaitis arrasaron la ciudad y los alrededores.
Los alemanes no reconocieron al gobierno lituano y, a finales de julio, formaron su propia administración civil: el Reichskommissariat Ostland, que se dividió en cuatro Generalbezirk.
Adrian von Renteln se convirtió en el comandante del Generalbezirk Litauen y asumió todas las funciones gubernamentales.
[27] Los asesinatos proporcionaron una justificación para arrestar a los judíos y ponerlos en guetos para "protegerlos", donde en diciembre de 1941 en Kaunas, quedaban 15.000, 22.000 habían sido ejecutados.
[26] Las ejecuciones se llevaron a cabo en tres grupos principales: en Kaunas (Fuerte Noveno), en Vilna (masacre de Paneriai) y en el campo (Rollkommando Hamann).
Esto se debió principalmente, con pocas excepciones notables, a la amplia cooperación de Lituania con las autoridades alemanas.
[30] La propaganda nazi explotó el sentimiento antisoviético y aumentó el antisemitismo tradicional ya existente.
No hubo una resistencia violenta significativa dirigida contra los nazis provenientes de la sociedad lituana.
En 1943, varios grupos políticos clandestinos se unieron bajo el Comité Supremo para la Liberación de Lituania (Vyriausias Lietuvos išlaisvinimo komitetas o VLIK).
Persistiría en el extranjero durante muchos años como uno de los grupos que representan a Lituania en el exilio.
La Fuerza de Defensa Territorial Lituana (Lietuvos vietinė rinktinė) se formó finalmente en 1944 bajo el mando de Lituania, pero fue disuelta por los nazis sólo unos meses después por negarse a subordinarse a su mando.
Lituania sufrió pérdidas significativas durante la Segunda Guerra Mundial y la primera década de la posguerra.