Cursó sus estudios universitarios en la Universidad de Basilea donde fue alumno de Ludwig Ruetimeyer y Friedrich Zschokke.
Luego de su paso por dicha universidad, continuó su educación en Ginebra, donde fue persuadido por el zoólogo Carl Vogt, para que centrara sus estudios en gusanos planos parásitos.
En 1894 obtuvo su doctorado con la tesis titulada "Die Turbellarien der Umgebung von Basel", y tras un período como asistente en la Universidad de Ginebra, se trasladó a la Universidad de Neuchâtel, donde desde 1895 hasta 1941 impartió clases de anatomía comparada.
[1] La especie herpetológica Cryptobatrachus fuhrmanni ( rana mochila de Fuhrmann) fue nombrada en su honor por Mario Giacinto Peracca.
[2] El escorpión Tityus fuhrmanni fue nombrado en su honor por el aracnólogo alemán Karl Kraepelin[3]