De vuelta en Granada, obtuvo media capellanía como cantor en la Capilla Real, colaborando en su funcionamiento, al tiempo que intentaba acceder a puestos de mayor renombre.
Los exámenes fueron durísimos tanto en composición, como en técnica musical o en la dirección del coro, además de ser públicos y presididos por el arzobispo Pedro de Castro y Quiñones.
Bermúdez se embarcó junto al obispo y llegó a Cuzco en 1597.
En Puebla, Bermúdez solamente pudo componer una obra, ya que su salud sufrió un considerable deterioro, falleciendo probablemente en 1605.
[1][3] Sin excepción, las obras de Bermúdez son para coro sin acompañamiento, sobre textos en latín, todas ellas dedicadas a las diferentes celebraciones de la liturgia romana.