Pedro Muñiz de Molina (Baeza, 1545-Lima, 1616) fue un clérigo y maestro español en el Perú.
Arcediano en el Cabildo Diocesano del Cuzco en 1581, participó en el III Concilio Limense de 1583.
Llegó a ejercer el rectorado en tres oportunidades (1588, 1598 y 1614).
Durante su gestión exigió regularidad en la asistencia a clases, tanto a los profesores como a los estudiantes; además se opuso a la graduación de quienes no se habían matriculado, a fin de cortar las pretensiones de los alumnos de los colegios de las órdenes religiosas.
Incorporado al Cabildo Metropolitano como deán (1594), fue calificador y juez ordinario de la Inquisición, provisor y vicario general del arzobispado.