Estuvo casado con Beatriz Costilla y Gallinato Riberos con quien se dice que tuvo cuatro hijos.
Durante su gobierno ocurrió una sublevación de diaguitas en La Rioja que dio muerte a sus encomenderos.
Finalmente y tras varios combates, las tropas españolas pudieron derrotar a los aborígenes.
El 9 de septiembre de 1597 se llevó a cabo en Santiago del Estero el primer Sínodo diocesano al que concurrieron autoridades, religiosos y procuradores de todas las ciudades existentes en la gobernación para entonces, y en él se preconizó que los conventos fundaran las primeras escuelas.
En 1600 Francisco Solano abandonó definitivamente la provincia y se dirigió hacia Lima, donde falleció en 1610.