Se casa con Ida Weinberg[1] (1837-1910), amiga de la infancia, con la que tiene dos hijos, Ernst y Hugo.
A pesar de ser muy apreciado por sus estudiantes, su carrera se estanca y decide trasladarse a Oslo donde le ofrecen la plaza de catedrático.
Consigue la cátedra en Upsala, pero ya débil no puede tomar posesión y fallece a la edad de cincuenta años.
[2] Wikner dejó escrito un diario que fue publicado en 1971 tras la muerte de su mujer e hijos, según sus propias instrucciones.
En él revela su homosexualidad así como su relación con su médico Anton Nyström.