La prosperidad del centro también se evidencia por el establecimiento, durante el dogado de Bartolomeo Gradenigo, de un podestà cuya jurisdicción se extendió también a los cercanos Malamocco y Pellestrina.
Al final del conflicto, Poveglia quedó completamente devastada y sus habitantes, originalmente varios cientos, se redujeron a unas pocas decenas.
Solo más tarde se decidió aprovechar su proximidad al puerto de Malamocco (entonces el único acceso a la laguna adecuado para grandes barcos) utilizándolo como estación para atracar embarcaciones y para el almacenamiento de equipos a bordo.
Una placa de mármol que se encuentra en la costa oeste tiene la siguiente redacción: "ne fodias vita functi contagio requescunt MDCCXCIII", que significa: "No caves [aquí], los difuntos descansan por contagio.
En 1997, el Centro de Turismo para Estudiantes y Jóvenes presentó un plan para la construcción de un albergue juvenil; en 1999, como resultado, el Tesoro excluyó a Poveglia de los activos que se venderían a particulares y lo devolvió a la propiedad estatal para que se le otorgara al CTS, pero la iniciativa no fue bien.
Sin embargo, el Comité de Propiedad del Estado consideró que la oferta era incongruente y, en consecuencia, el empresario se opuso a esta decisión anunciando su apelación al TAR.