Cuando Israel se retiró del Sinaí en 1982, Rafah se dividió en dos partes, una palestina y otra egipcia, dividiendo a familias que quedaron separadas por barreras de alambre de espino.
El texto arameo Tárgum de Onquelos menciona que la aldea bíblica Hazerim se encontraba en Rafah,[13] sin mayores precisiones.
Como la mayoría de ciudades del sur de Palestina, la antigua Rafah tenía un pequeño puerto en la costa (el actual Tell Rafah), mientras que la ciudad principal se hallaba tierra adentro.
[14] En 1226 d. C., el geógrafo árabe Yaqut al-Hamawi escribió de la antigua importancia de Rafah durante el periodo árabe temprano que era «en la antigüedad una ciudad floreciente, con un mercado, una mezquita y mesones».
Sin embargo, continuó diciendo que, en el estado en el que se encontraba por entonces, Rafah estaba en ruinas, aunque era un puesto de correos ayubí en el camino hacia Egipto, poco después de la cercana Deir al-Balah.
En 1832, la zona quedó bajo el control egipcio de Mehmet Alí, que duró hasta 1840.
[19] En 1881, el archiduque Luis Salvador de Austria escribió: En 1917, el ejército británico capturó Rafah y lo usó como base para su ataque sobre Gaza.
Las Naciones Unidas fueron incapaces de determinar las circunstancias que rodearon los crímenes.
Desde entonces, mantiene ocupados estos territorios de manera ilegal, según Naciones Unidas y el grueso de la comunidad internacional, que exige que Israel se retire a las fronteras establecidas con anterioridad a dicha guerra.
[31] En mayo de 2004, el gobierno israelí, dirigido por el entonces primer ministro Ariel Sharon, aprobó una nueva demolición masiva de casas en Rafah llevada a cabo en la "Operación Arcoíris", que ocasionó 17 muertos en la localidad.
Por ello, y porque no se ha producido una resolución que dicte lo contrario, la ONU sigue considerando la Franja de Gaza como territorio ocupado por Israel.
[34] Durante el conflicto entre Hamás e Israel del verano de 2014, un bombardeo israelí sobre una escuela de la ONU en Rafah dejó al menos diez muertos y numerosos heridos.
[35] La justicia militar israelí consideró el ataque «legítimo», dado que tres milicianos circulaban en motocicleta por las proximidades de la escuela.