Sin embargo, Japón ha mantenido relaciones de trabajo no gubernamentales con dicha entidad.
[1] En el siglo XVII, existía un comercio considerable entre Japón y Taiwán.
Después de la guerra entre China y Japón, durante la ocupación de Japón, el primer ministro Shigeru Yoshida (oficialmente el último primer ministro bajo el real decreto del emperador japonés), tenía la intención de acercarse económica y diplomáticamente a la recién establecida República Popular China.
Estados Unidos exigió a Japón que aceptara relaciones diplomáticas con la China nacionalista liderada por el KMT, de lo contrario no se restauraría la soberanía del país, manteniendo efectivamente la guerra con Estados Unidos y manteniéndolo bajo la ocupación militar estadounidense.
Japón lideró la logística y la producción/fabricación de artillería para apoyar a los EE. UU.
En 1972, Estados Unidos devolvió Okinawa a Japón, pero la asociación se mantuvo como una institución para fomentar las relaciones, el diálogo y el intercambio académico entre Japón, Okinawa y Taiwán.
Antes de esto, Japón ya había tenido sólidas relaciones comerciales no gubernamentales con la República Popular China sin un reconocimiento diplomático formal.
Como condición previa para entablar lazos con la República Popular China, Japón derogó e hizo desaparecer el Tratado de Taipei en relación con la entonces no reconocida política de Taiwán.
Japón reiteró que mantendrá sus intercambios con Taiwán, sin embargo, de forma privada y regional.
[30][31][32] En el vínculo internacional oficial entre los dos gobiernos, los think tanks de Taiwán son miembros del Asian Development Bank Institute, que se encuentra en el edificio Kasumigaseki en Chiyoda, Tokio.