Es ampliamente conocido por su participación en las Guerras confederadas de Irlanda en el bando de los católicos confederados irlandeses.
Butler participó en la rebelión dirigida por O'Neill, donde se destacó por la defensa de los castillos de Ballyragget y Cullihill.
[2] Envió después grupos de partidarios para asegurar las ciudades adyacentes, con tal éxito que en el espacio de una semana todas las fortalezas en los condados de Kilkenny, Waterford y Tipperary estaban bajo su dominio.
[3] A su regreso a Kilkenny, fue nombrado presidente del Consejo Supremo del gobierno confederado, el cual se estableció en el siguiente verano.
En 1643 participó en la batalla de New Ross, en la cual luchó junto al general Thomas Preston contra las fuerzas del ahora duque de Ormonde, y tomó parte en la captura de varias fortalezas.