El encarcelamiento, sin embargo, se cumplía en la casa del gobernador, ya que la cárcel en estos momentos, en realidad, aún no existía.
También cobró enormes tributos a los encomenderos que no habían confirmado sus títulos de propiedad.
Sin embargo, su política, que aumentaba el dinero a pagar en tributos por parte de la clase baja, ya estaba provocando una notable emigración desde Caracas.
Berrio es sustituido por Alquiza que ejerce como gobernador interino hasta 1613 y luego se traslada a Cuba.
Así, fundó una hacienda en la parte occidental de La Habana, a la que le puso su nombre.