El Campeonato Provincial de Segunda Categoría de Morona Santiago 2021 fue un torneo de fútbol en Ecuador en el cual compitieron equipos de la provincia de Morona Santiago.
El torneo fue organizado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Morona Santiago (AFNAMS) y avalado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol.
El torneo comenzó el 12 de junio y terminó el 7 de agosto.
Participaron 3 clubes de fútbol del cual al campeón se le entregó un cupo a los play-offs del Ascenso Nacional 2021 por el ascenso a la Serie B, además el campeón provincial clasificó a la primera fase de la Copa Ecuador 2022.
[1] El sistema determinado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Morona Santiago fue el siguiente: