Sólo se conoce una única especie, Shanweiniao cooperorum.
Sólo un único fósil ha sido descubierto, una losa y una contralosa.
O'Connor et al (2010) descubrieron que Shanweiniao estaba estrechamente relacionado con Longipteryx, Longirostravis, y Rapaxavis,[1] que juntos forman un clado de enantiornites de pico largo.
Los autores informaron que Shanweiniao era el único enantiornite conocido con una superficie en la cola capaz de generar sustentación, como en las aves modernas.
Sólo el ave Yixianornis grabaui, una ornithurae basal, compartía esta característica.