En 1961 deja United Steel para crear una consultora en temas de investigación operacional, en sociedad con Roger Eddison, llamada SIGMA (Science in General Management, o, en español "Ciencia en gestión general").
Años después, en 1966, Beer deja SIGMA para trabajar en la International Publishing Corporation (IPC), en donde es designado como Director de desarrollo e impulsa la adopción de nuevas tecnologías computacionales e informáticas.
Para 1970 Beer abandonó la IPC para trabajar como consultor independiente, centrando cada vez más su interés en sistemas sociales.
En 1970 fue invitado a Chile, por el presidente Salvador Allende, para desarrollar el proyecto Cybersyn (Sinergia Cibernética), que consistió en crear una red de comunicaciones en tiempo real, distribuida por todo el país, a través del cual se aplicaría la teoría del Modelo de Sistema Viable.
En los años 1980 estableció su segundo hogar en la ciudad de Toronto, Canadá, en donde se mantuvo activo.