Se puede hablar con personajes que no son jugadores (NPC), derrotar enemigos o interactuar con el entorno.
[2][3] Mario puede «voltear» temporalmente entre dimensiones, donde la cámara gira 90 grados para revelar una perspectiva 3D del escenario, revelando elementos ocultos en la perspectiva 2D normal, y puede usarse para maniobrar alrededor de obstáculos infranqueables en 2D.
Pisti, un Pixelito que acompaña a Mario desde el comienzo del juego, puede revelar pistas para derrotar a los enemigos y se usa para encontrar secretos en el entorno.
[7] El mundo central es la ciudad de VillaCara, descrita como ubicada «entre dimensiones»,[8] y tiene una contraparte reflejada, VillaCruz, desbloqueada en la segunda mitad del juego.
[10] Mario llega y se encuentra con una Pixelita llamada Pisti y ella lo teletransporta a VillaCara, donde Merlon le asigna la tarea de recolectar los ocho Corazones Puros, que son necesarios para deshacer la destrucción.
Cenizo envía a sus secuaces, Dimencio, Mimi y Mc'Cachos, así como a un Luigi con el cerebro lavado (llamado Sr. L), para atacar al grupo de Mario y ralentizar su progreso.
Luigi finalmente recupera sus recuerdos y es el último en unirse al grupo de Mario.
Blumiere, desesperado, tomó el control del Pronostico Nigerum, decidido a poner fin al universo.
Sin que él lo supiera, Merlon encontró y rescató a Pistina transformándola en una Pixelito, pero ella había perdido sus recuerdos.
Los otros héroes regresan y derrotan a Cenizo usando el poder de los Corazones Puros.
Dimencio es destruido pero deja atrás una estela de su poder para asegurar que el Corazón Del Caos pueda terminar su tarea.
Intelligent Systems desarrolló los juegos anteriores de la serie y Super Paper Mario.
[12] Nintendo optó por no tener un GameCube en el piso de exhibición para una demo jugable.
[5] Las primeras copias de PAL contienen un bug si el idioma está configurado en inglés, alemán o español.
Nintendo of Europe se ofreció a reemplazar cualquier disco de juego afectado con parches sin cargo.
Gamasutra describió el juego como un «lanzamiento histórico de Wii» y un «éxito entre los críticos».
[29] Su historia también recibió elogios,[25][26] aunque algunas críticas se dirigieron a la gran cantidad de texto.
[5] GameTrailers también criticaron la dependencia del texto, pero elogiaron la historia, así como la jugabilidad «robusta» y «adictiva».
[44] CNET, IGN, Game Informer, GameSpot, y GamesRadar+ desde entonces lo han catalogado como uno de los mejores juegos para Wii.