La prueba de 100 m mariposa masculino del campeonato sudamericano de natación de 2004 se realizó el 27 de marzo de 2004, el tercer día de competencias del campeonato.
[1] Cuatro nadadores lograron la marca clasificatoria a los Juegos Olímpicos de Atenas 2004.
MCO: Marca Clasificatoria a Olímpicos.