La Temporada 2016 del fútbol ecuatoriano abarca todas las actividades relativas a campeonatos de fútbol profesional y amateur, nacionales e internacionales, disputados por clubes ecuatorianos, y por las selecciones nacionales de este país, en sus diversas categorías, durante 2016.
Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos Resultados Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos Resultados Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos * A Deportivo Cuenca se le restó 1 punto por no presentar los roles de pago.
Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos Clasificación PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; DG = Diferencia de gol; PTS = Puntos * A Clan Juvenil se le restó 1 punto por no presentar los roles de pago del mes de abril.
* Colón FC perdió 6 puntos por hacer actuar a André Felis Reis jugador que estaba suspendido.
Espoli perdió 4 puntos por presentar en la banca de suplentes en la fecha 40 a Sandro Rojas quien estaba suspendido.