La respuesta de rey fue positiva pero tardó algunos años en llegar, y en la Nueva Galicia ya habían sucedido muchas cosas.
En Tonalá estuvieron otro año, de ahí los españoles se movieron a Tlacotan.
Las familias españolas dijeron aquí ya no es seguro, y se trasladaron a lo que hoy es Guadalajara.
Por la tranquilidad y seguridad que le daba al estar a faldas del cerro del cuatro y por la cantidad de agua en la zona, hacía que Toluquilla fuera una opción muy latente.
Como los fundadores estaban indecisos, doña Beatriz Hernández pidió la palabra y dijo que quería ella terminar con esa discusión.
[3] En el año de 1600, San Pedro (capital del municipio), tenía menos habitantes que Toluquilla.
Debido a que esta iglesia era una ruina total en el siglo XIX un hacendado local mando construir la parroquia actual de Nuestra Señora Del Rosario para suplir las necesidades eucarísticas de sus trabajadores.
La iglesia durante la Revolución sirvió como una fortaleza para salvaguardar a las jóvenes de la localidad.
Es por esto que alrededor de la iglesia se empezó a crear un panteón.
Cuenta la gente que vivió esta época que todos los días venían carretas Cargadas de muertos y moribundos provenientes de rancherías tan lejanas como santa Cruz del Valle.
Un anciano en especial es recordado por quienes vivieron esto ya que al estar en una avanzada edad y casi desnudo.
EL carretero al escuchar esto le dio un golpe y lo echo a la carreta con los demás muertos.
Toluquilla cuenta con una bella parroquia perteneciente a la vicaria episcopal de Nuestra señora del Rosario.
El novenario consiste en una fiesta llena de juegos pirotécnicos, y vendimia en la plaza del poblado.
Actualmente la localidad cuenta con Escuelas Primarias, preescolares, secundarias, una preparatoria, una biblioteca, y una unidad deportiva.
La mayor parte de su territorio es plano, con algunos lomeríos y pocas tierras altas cerriles.
El punto más alto del municipio es el Cerro del Cuatro que junto con el Cerro de Santa María se localiza al suroeste de la cabecera con una altura de 1860 y 1730 metros respectivamente Al igual que el resto del municipio, Toluquilla se formó en el período Cuaternario, y está compuesto por tobas pumíticas (conocidas comúnmente como pómez o "jal") que están formadas por productos de explosión tales como lapillis, puzolanas y cenizas.
Sus recursos hidrológicos son proporcionados por el ojo de agua, y sus subyacentes arroyos.
En algunas partes de la localidad todavía se pueden observar, Coyotes, Zorros, águilas, conejos, perdices, tecolotes y ardillas.
Entre las fábricas más notadas e importantes en la zona se encuentran: maseca, Lala, coca cola, Hewlett-Packard, bimbo y una fundidora de acero entre otras industrias.