El Torneo de Reserva 2006-07 fue la sexagésimo sexta edición del certamen organizado por la Asociación del Fútbol Argentino.
Participaron un total de 19 equipos, todos participantes de la Primera División 2006-07.
El certamen no terminó de disputarse, por lo que no hubo campeón.
[1] De los 20 equipos, participaron 19 en la edición ya que Gimnasia y Esgrima de Jujuy desistió: Se llevó a cabo en dos ruedas, por el sistema de todos contra todos, invirtiendo la localía.
La tabla final de posiciones del torneo se estableció por acumulación de puntos.