El Torneo de Reserva 2008-09 fue la sexagésimo octava edición del certamen organizado por la Asociación del Fútbol Argentino.
Participaron un total de 20 equipos, todos participantes de la Primera División 2008-09.
Los nuevos participantes fueron: Godoy Cruz Antonio Tomba, que regresó tras su última participación en la temporada 2006-07; y San Martín de Tucumán, que hizo su debut en el torneo, ya que en su última presencia, en la temporada 1992-93, no participó.
[1] De los 20 equipos, participaron 19 en la edición ya que Gimnasia y Esgrima de Jujuy desistió: Se llevó a cabo en una dos ruedas, por el sistema de todos contra todos, invirtiendo la localía y consagró un campeón.
La tabla final de posiciones del torneo se estableció por acumulación de puntos.