Cuando Kęstutis lo descubrió al año siguiente, asedió Vilna, apresó a Jagellón y se proclamó gran duque.
Kęstutis estaba dispuesto a negociar, pero tanto él como Vytautas fueron capturados y trasladados al castillo de Kreva.
La historia de su fuga es bien conocida: se permitió a su mujer, Ana, visitarlo en el castillo.
Tras la huida buscó la ayuda de los caballeros teutones, con los que Jagellón estaba también negociando.
No obstante, en julio de dicho año, Vytautas decidió romper la alianza con los teutones y se reconcilió con Jagellón para, a continuación, quemar tres importantes castillos teutónicos y recuperar todas las tierras que habían pertenecido a Kęstutis excepto Trakai.
Dejó a su hermano Skirgaila como regente del Gran Ducado de Lituania.
Sin embargo no era popular entre el pueblo y Vytautas lo vio como una oportunidad de volver a ser gran duque.
La nobleza polaca no veía con buenos ojos que su nuevo rey, Ladislao II Jagellón, dedicara tanto tiempo a los asuntos del Gran Ducado de Lituania.
Políticamente era una declaración implícita de que el Gran Ducado había aceptado el cristianismo y de que los caballeros teutones no tenían ya una justificación para atacar Lituania.
Ambas órdenes deseaban unirse y constituir una fuerza poderosa, sin embargo los caballeros sólo controlaron Samogitia durante tres años, pues en 1401 sus habitantes, apoyados por Vytautas, se rebelaron y quemaron dos castillos.
En 1404 se firmó un nuevo tratado que repetía en esencia los términos del de Salynas: Samogitia era entregada a los caballeros teutones y Polonia prometía no ayudar a Lituania en caso de guerra.
Sin embargo, el tratado no resolvió los problemas y todas las partes se prepararon para la guerra.
En 1408 Vytautas consiguió la paz en el este y volvió a ocuparse de la cuestión Samogitia.
Nuevos intentos de mediación tuvieron lugar y todos fracasaron, lo que derivó en otra guerra en 1422.
[5] Una vez establecida la paz, Vytautas pudo concentrarse en realizar reformas y en las relaciones con Polonia.
Además, la derrota de Vorskla le forzó a reconsiderar las relaciones entre Polonia y Lituania.
Vytautas apoyó el desarrollo económico de su estado e introdujo numerosas reformas.
Durante su reinado el Gran Ducado de Lituania se fue haciendo progresivamente más centralizado a medida que los príncipes locales con lazos dinásticos con el trono eran reemplazados por gobernadores leales a Vytautas.
Estos gobernadores eran ricos terratenientes que formaban la base de la nobleza lituana.
Durante el gobierno de Vytautas alcanzaron su máximo esplendor las familias Radziwiłł y Goštautai.