[2] Posteriormente ese mismo año, Ledesma y los demás generales quedaron absueltos gracias a la controvertida ley de amnistía hecha por los congresistas del fujimorismo.
Sin embargo, Ledesma solo obtuvo votos de preferencia y no resultó elegido.
En noviembre del año 2000, el Congreso de la República declaró la vacancia presidencial por incapacidad moral contra Alberto Fujimori por su fuga hacia Japón y luego Valentín Paniagua, presidente del parlamento, asumió como presidente de la república por sucesión constitucional.
[9][10] Durante su gestión como ministro, tuvo como objetivo la reorganización de las Fuerzas Armadas del Perú que habían sido manipuladas y deshonradas por Vladimiro Montesinos en el gobierno de Fujimori.
[13] Ledesma permaneció en el cargo hasta el final del gobierno el 28 de julio del 2001 y fue luego reemplazado por el congresista David Waisman en el gobierno de Alejandro Toledo.