[1] El género fue muy longevo y sobrevivió al gran intercambio americano.
[2] Hubo de competir con sus parientes más avanzados los macrauquenias, por lo que pudo ocupar un nicho ecológico especializado que evitaba la competencia.
Sus restos, aparecidos en la región subtropical, en contraste con la zona templada o tropical de otros géneros, se han hallado asociados a depósitos eólicos, correspondientes a ambientes áridos y semiáridos, ocupando un ambiente más similar al de los camellos que el género Macrauchenia.
Cladograma basado en el análisis filogenético publicado por Schmidt et al.
en 2014, mostrando la posición de Windhausenia:[3] Proadiantus Tricoelodus Polymorphis Pternoconius Coniopternium Cramauchenia Theosodon Scalabrinitherium Oxyodontherium Huayqueriana Paranauchenia denticulata Paranauchenia hystatus Cullinia Promacrauchenia Windhausenia Xenorhinotherium Macraucheniopsis Macrauchenia