Bien seguro, reconoce que es imposible exponer al público semejantes etiquetados de los 26.000 especímenes de otras tantas especies, múltiples ejemplares como los treinta de Accipiter nisus o los treinta y nueve de Falco peregrinus; y los especímenes históricos o "tipo" (son los que sirven para describir a ciertas especies) estaban todos mezclados.
Stone se tomó el enorme trabajo de recatalogar y de preservar tales especímenes, y logró recuperar más de seiscientos tipos que serían utilizados por John Gould (1804-1881), Cassin, Townsend, Audubon y otros.
Este complejo trabajo fue sostenido con medios de la Academia, en condiciones difíciles.
Y sería uno de los dos vicepresidentes en 1927, función que ocupaba justo a su muerte.
Esas actividades le permitieron de reencontrarse con numerosos naturalistas como Joel Asaph Allen (1838-1921), Charles Foster Batchelder (1856-1954), Charles Barney Cory (1857-1921), Robert Ridgway (1850-1929), Elliott Coues (1842-1899), Clinton Hart Merriam (1855-1942), Daniel Giraud Elliot (1835-1915) y de otros.
Recibe un título de doctor en Ciencias honoríficas en 1913 y el Premio Alumni al mérito en 1937. fue miembro original del "Philadelphia Botanical Club".
Su investigación culminó en su pièce-de-résistance The Plants of Southern New Jersey, publicado en 1911, siendo un tratamiento integral florística para el sur de Nueva Jersey, se sigue utilizando hoy en día [2010].”[7] La abreviatura Stone se emplea para indicar a Witmer Stone como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.