Batalla de Hakodate
Estos últimos fueron derrotados en la batalla de Toba-Fushimi y, como consecuencia, las tropas imperiales ocuparon la capital del shogunato, Edo.
El 21 de agosto, la flota sufrió los efectos de un tifón en Choshi: se perdió el Mikaho y el Kanrin Maru, gravemente dañado, se vio obligado a dirigirse a la costa y fue capturado en Shimizu.
Las tropas imperiales avanzaron hacia el norte, tomaron el castillo de Aizuwakamatsu e hicieron la posición en Sendai indefendible para los rebeldes.
Hijikata Toshizo y Ōtori Keisuke dirigieron sendas columnas hacia Hakodate, acabaron con la resistencia que les opusieron las tropas del dominio de Matsumae (que había declarado su lealtad al nuevo gobierno) y el día 26 se apoderaron del castillo de Goryōkaku, que se convertiría en el centro de mando del ejército rebelde.
Para su desgracia, el Kaiyo Maru naufragó durante una tempestad cerca de Esashi y el Shinsoku se perdió también cuando acudía a auxiliarlo, lo que supuso un terrible golpe para los rebeldes.
Aunque los gobiernos de Francia y el Reino Unido reconocieron la nueva república con reservas, el gobierno Meiji no lo hizo.
La tripulación del Kōtetsu consiguió rechazar el ataque con una ametralladora Gatling y causó una enorme cantidad de bajas a los atacantes.
Enomoto Takeaki fue particularmente exitoso y ejerció varios ministerios durante la era Meiji.
El nuevo gobierno imperial, ya firmemente establecido, creó muchas nuevas instituciones poco después del fin del conflicto, entre ellas la Armada Imperial Japonesa, en julio de 1869, en la que fueron incorporados muchos buques y soldados que habían participado en la batalla de Hakodate.
