Para la Etapa nacional, se usa el Formato de zonas, creado por Matchvision, al igual que en la edición 2015 y 2016.
[6][7][8] Los problemas de control en el torneo se hicieron notorios gracias a algunas denuncias.
[10][11][12] Al igual que en ediciones anteriores, hubo denuncias sobre malos manejos en el desarrollo de esta etapa.
Los equipos no clasificados volvieron a sus ligas de origen, por lo que empezarán la Copa Perú 2018 en la Etapa distrital.
Los equipos descendidos de Segunda División Peruana 2016 empezaron su participación en esta etapa, entrando como un campeón provincial más.
[11][17][18][19][20][3] Los estadios que albergaron esta etapa cumplieron con los requisitos de tener un cerco perimétrico y una capacidad mínima para 1000 personas sentadas.
De persistir la igualdad, avanzó aquel que estuvo mejor ubicado en la tabla nacional.
De persistir la igualdad, avanzó aquel que estuvo mejor ubicado en la tabla nacional.