Se disputa desde el mes de febrero con las ligas distritales y provinciales en cada departamento del Perú.
La segunda etapa consiste en clasificar a los 50 mejores equipos a nivel nacional que también se eliminarán en partidos de ida y vuelta, pero jugando sólo 6 partidos cada uno (con los contrincantes más cercanos geográficamente).
Si el club se rehúsa a jugar en dicha competición, será inhabilitado de participar en competencias de la FPF por un año calendario, al cabo del cual deberá reafiliarse, pero a su Liga Distrital correspondiente.
El subcampeón Deportivo Hualgayoc tuvo derecho a participar en la Segunda División de Perú 2017.
Los campeones y subcampeones pasarán a jugar la siguiente etapa (provincial) que culminará en agosto.
Validando el empate obtenido en su partido ante Arguedas, por lo cual Deportivo La Victoria lo supera en la Tabla Final clasificando a la Etapa Nacional.
(*) La CJ-FPF debido a la irregular participación de Deportivo Garcilaso al no comenzar desde la etapa distrital, tal como estipulaban las bases, determinó su eliminación.
Mejor campaña de visita utilizando los mismos criterios sólo para los partidos en esa condición: 1.
El equipo que obtenga más puntos al final del cuadrangular será el campeón de la Copa Perú 2016 obteniendo el ascenso y el derecho a jugar el Campeonato Descentralizado 2017.