No está adscrita a ninguna rama, sino que pertenece al denominado "Cuerpo Común" de las Fuerzas Armadas.
Al frente de la misma se encuentra un teniente coronel veterinario.
Los canes instruidos en la ECIDEF pueden proceder de camadas criadas en el propio organismo o adquiridos mediante compra, en torno a un año de edad, momento adecuado para iniciar su preparación.
Esta escuela dispone de una bolsa de adopciones, destinada tanto a los perros que no son considerados aptos durante su entrenamiento como a los que finalizan sus servicios en las Fuerzas Armadas.
Cada animal es adiestrado únicamente en una de las siguientes especialidades: Para cumplir sus objetivos, la Escuela Cinológica de la Defensa cuenta con unas instalaciones que ocupan una superficie en torno a los 10.800 metros cuadrados.