El tramo es de vía doble y está electrificado.
Aunque considerada como un apeadero por Renfe la estación conserva su atípico edificio de viajeros.
Es una estructura de dos planas con un pequeño anexo adosado y un balcón acristalado en su parte alta a la que se accede por una escalera lateral y exterior.
En una de sus últimas remodelaciones fue repintada usando el rojo y el naranja.
En Cubillas de Santa Marta, Renfe presta servicios de Media Distancia gracias sus trenes Regional, Regional Exprés y Proximidad en los trayectos: