Se levanta sobre los restos arqueológicos del antiguo Colegio de San Pelayo o de los verdes, integrados en la estructura del moderno edificio.
Bajo la dirección del afamado arquitecto castellano Rodrigo Gil de Hontañón, se rediseña el proyecto y se retoman los trabajos a partir del año 1573.
De esta primitiva fábrica se han conservado hasta el presente la fachada que da a la calle Cervantes y la esquina que mira a la calle Rabanal, la capilla, bodegas y detalles de puertas adinteladas, arranques de algunos arcos, escudos y fustes de columnas decorados y una gran chimenea mantenida “in situ”.
El de la esquina de la calle Rabanal muestra en sus cuatro cuarteles los apellidos del fundador: Salas, Valdés, Llano y Doñapalla, repetidos en el situado sobre la puerta de acceso al salón del Decanato y en el dintel empotrado junto a la escalera en la planta baja.
El nuevo edificio es obra del arquitecto Don Emilio Sánchez Gil.