En 1786 se alistó al Ejército prusiano, donde obtuvo el rango de Generalmajor.
Cuando el joven Duque Luis Augusto de Anhalt-Köthen murió sin herederos directos en 1818, Federico Fernando, como su pariente varón más cercano, lo sucedió en el ducado soberano.
[1][2][3] No obstante, sus intentos de convertir Köthen a la fe católica encontraron una dura resistencia.
El papa León XII apoyó la conversión del matrimonio y les envió distintos presentes al tiempo que su cuñado el rey de Prusia les escribió una carta mostrando su rechazo y cortó su relación con ellos.
Trajo al arquitecto clasicista Gottfried Bandhauer a Grimschleben, cerca de Nienburg, para realizar algunas remodelaciones en su palacio.