Al margen de su intención histórica, el autor se propuso en esta obra enaltecer su herencia hispánica (su padre era un conquistador español), como ya la había hecho con su ascendencia indígena en la primera parte (su madre era una princesa inca).
Esta obra fue concebida por su autor como la segunda parte de sus Comentarios Reales publicados en Lisboa en 1609.
La impresión estaba ya concluida desde el año anterior, y existe un raro ejemplar fechado en 1616.
En la portada se lee lo siguiente: Cabe destacar que esta nutrida obra fue escrita cuando su autor era ya un anciano septuagenario.
Según dicho cronista, el padre del Inca cedió su caballo, llamado Salinillas, a un herido y fugitivo Gonzalo Pizarro, por lo que éste pudo ordenar sus fuerzas y cambiar el curso de la batalla.
El Inca Garcilaso desmonta esta aseveración, y afirma además que su padre fue incorporado contra su voluntad al bando rebelde, para luego sumarse a la primera ocasión a las fuerzas del pacificador Pedro de la Gasca.
Citando la obra (perdida) del padre Blas Valera, Garcilaso intenta desmentir las versiones tradicionales de este episodio.
Atahualpa es capturado y tomado prisionero; en tal situación ofrece un crecido rescate para lograr su libertad.
Los españoles apresuran el reparto del rescate, a pesar de no haberse reunido la cantidad prometida.
Finaliza el libro destacándose la lealtad inquebrantable que algunos indios tuvieron hacia los españoles, en agradecimiento de favores recibidos.
Se mencionan los milagros que supuestamente Dios obró en favor de los cristianos.
Finaliza también el cerco del Cuzco y Manco Inca se retira voluntariamente hacia Vilcabamba.
Se relata el origen de las guerras civiles entre los conquistadores, explicada por la disputa entre almagristas y pizarristas por la posesión del Cuzco.
Los almagristas se conjuran contra el marqués Francisco Pizarro, a quien asesinan en su palacio de Lima.
Gonzalo Pizarro es elegido por los encomenderos procurador general y desde el Cuzco marcha hacia Lima.
El oidor Diego Vásquez de Cepeda se convierte en su más fanático partidario.
En alta mar, el virrey se libra de sus custodios y desembarca en Tumbes, marchando a Quito para levantar fuerzas.
El lugarteniente de Gonzalo, Francisco de Carvajal, es enviado al sur para combatir al capitán realista Diego Centeno a quien pone en fuga y lo obliga a esconderse en una cueva en las serranías.
Gonzalo se retira a Arequipa y junto con Carvajal abre campaña contra Centeno en el altiplano, cerca del lago Titicaca.
Diego Centeno le sale al encuentro y se libra la batalla de Huarina.
Gracias a la arcabucería hábilmente dirigida por Carvajal, Gonzalo logra un triunfo espléndido e inesperado.
En esa batalla el capitán Sebastián Garcilaso de la Vega cedió su caballo Salinillas a un herido y fugitivo Gonzalo, que hasta ese momento se consideraba en derrota, ayuda que aparentemente trastocó el resultado de la batalla, pero el inca Garcilaso se encarga de refutar esa aseveración.
Empieza con los castigos aplicados a los partidarios de Gonzalo Pizarro; unos fueron azotados y arrastrados por el campo tirados por llamas, ante el escándalo de los indios que no imaginaban que entre españoles se dieran esas humillaciones; otros fueron desterrados y enviados a galeras.
A España es enviado también el oidor Cepeda, para responder ante la justicia por su apoyo a Gonzalo, pero resulta envenenado en prisión por sus propios familiares para evitar que manchara el apellido con la deshonrosa sentencia de traidor.
Pronto los rebeldes controlaron la ciudad y persiguieron a los principales vecinos que no quisieron apoyarlos.
Este gobernante se propuso capturar al joven príncipe Túpac Amaru, último heredero de la realeza imperial inca que aun resistía en Vilcabamba.
Un ejército español, capitaneado por Martín García de Loyola marcha a Vilcabamba donde acaba con los últimos restos de la resistencia inca y apresa a Túpac Amaru, quien es trasladado al Cuzco con su familia.
Terminado su período virreinal, retorna a España, donde es fríamente recibido por el rey Felipe II, quien le reprocha la muerte de Túpac Amaru, pues había sido enviado al Perú no para matar reyes sino para servirlos.
Desengañado por creer que no se le reconocían sus servicios, Toledo fallece poco después.
Por tratar un tema harto polémico como la conquista española de América, esta obra se divulgó en otros idiomas con mayor rapidez que su primera parte.