Exteriormente se aprecia el proceso evolutivo del templo, ya que la iglesia presenta elementos arquitectónicos de muy distinta cronología y estilos.
Destaca el retablo mayor, que se encuentra compuesto por banco, dos cuerpos y ático, la arquitectura y estructura del mismo fue contratado por Martínez Montañés en 1632 que inició las obras en 1632.
Posteriormente, por controversia sobre la tasación del trabajo, Montañés abandonó las obras que quedaron paralizadas.
A ambos lados del retablo mayor se encuentran pinturas realizadas por Juan de Uceda y Francisco Pimentel.
La capilla de la Concepción se encuentra presidida por un retablo realizado por Francisco Pacheco en 1623.