Sin embargo, la relación en 1734 se deterioraría y quedarían en una separación De facto por su disfuncionalidad.
Por otro lado, Doña Andrea (quien fue recluida en el beaterio de las Nazarenas en el Cuzco como castigo) respondería con acusarle de ser una persona abusiva mental y físicamente, mientras que su padre, Don Agustín Chirinos, denuncio a su yerno de tener múltiples deudas sin pagar, logrando enviar a Don Juan a la cárcel secular.
Finalmente, por orden del Virrey, sería liberado de la cárcel al apelar a la Cédula de 1697, en donde se exigía que un noble indio debía ser tratado igual que un Hidalgo castellano (los cuales no podían ser recluidos en cárceles públicas y ordinarias), a la espera de investigarse su genealogía.
[1] Por estos motivos del litigio por sus tierras familiares, junto a la orden del virrey de investigar su genealogía, fue que renovaría con una intensa pasión el interés por documentar sus orígenes familiares como noble al descender de los Carlos Inga y Carlos Coya.
[1] Los éxitos de Don Juan Carlos Bustamante Inca ofrecieron un excelente augurio entre los indios y mestizos (sobre todo a los nobles) para sus propias pretensiones y demandas, felicitando a su «hermano» o «primo», mientras que algunos funcionarios criollos se sintieron desdichados por el buen trato que tuvo su inferior social en las cortes, pero igual todos los altos mandos españoles se unieron en felicitarle.
[7] Sin embargo, la monarquía rechazo sus reclamos porque exigían que la herencia sea bajo la condición de ser descendientes de Ana María de Loyola Coya [I Marquesa] o sería una usurpación a los legítimos herederos del trono de los Emperadores del Perú (aunque secretamente, los Borbones españoles simplemente no querían ofrecer el Marquesado por Razón de Estado, pues atentaba contra su noción Absolutista y Regalista de la soberanía del estado español; además del miedo a que algún heredero buscara restaurar el Tahuantinsuyo y negara el Translatio imperii a los monarcas españoles, razón por la que hasta los Habsburgos españoles les tenían en un exilio dorado en Europa).
Finalmente se le ordenó «perpetuo silencio», término usado para cesar procesos de apelación, aunque dando pie a que nuevos nobles incas hagan reclamaciones.
La censura no fue tanto por el miedo del estado español a otorgar el marquesado a quien pudiera demostrar su herencia hipotéticamente, si no a que surgieran caudillos y abogados queriendo usurpar tales derechos aprovechando el predecible furor que eso pudiera generar en la sociedad (y con ello, posibles levantamientos antiespañoles en defensa de incas advenedizos, o una ola de falsificaciones de documentos entre la nobleza peruana que solo provoque la corrupción de la burocracia virreinal).
Debido a la correspondencia con nobles indios o funcionarios y sacerdotes criollos, se mantendría al tanto de los acontecimientos que sucedían en su tierra natal, mientras recibía constantes cartas felicitándole por sus proezas diplomáticas en Madrid.
A su vez, cuando se empezaron a enojar por la lentitud de las reformas prometidas debido a la corrupción política, le echaron la culpa del mal gobierno a algunos grupos de funcionarios criollos y peninsulares por sus trabas en implementar las Reales Cédulas que Fernando VI emitía a favor de los indios; mientras que el Rey Español, o Inca Católico, tenía un aura paternalista de intachabilidad, por el cual era inconcebible culparle de los males del Virreinato (nunca cuestionándose la soberanía legítima del Reino de España en sus tierras ni su sistema institucional, solo exigiendo el cumplimiento efectivo del Pacto colonial frente a malos burócratas).
[1] Entre las múltiples peticiones que recibió, se pueden constatar las siguientes:[1] Pese a su larga trayectoria, el éxito de Bustamante Inca en sus proyectos personales fue parcial, pues, aparte de serle denegada su reclamo al Marquesado de Oropesa, solo lograría mayormente garantizar algunas mercedes que beneficiaran económicamente a sus parientes más cercanos.
Entre ellos estuvo mandar pensiones para su esposa Doña Andrea, y sus sobrinas huérfanas, a un valor de 730 pesos (el Rey de España había pedido que ella viajara para encontrarse con su esposo, pero eso nunca se daría, pese a que Bustamante estuvo casi 3 décadas esperándola, debido a que ella carecía de medios económicos para costoso viaje).