En 1929, en colaboración con otros colegas, funda la página literaria Nueva Literatura, que saldrá semanalmente en el periódico La Tarde durante ese año.
[1] En 1931 marcha a Madrid para preparar unas oposiciones y se establece allí durante todo el periodo de la República.
Durante el periodo republicano ocupa diversos cargos, gracias en principio a un paisano suyo, José Franchy y Roca, que había sido nombrado Ministro de Industria, y de quien Juan Manuel Trujillo llegó a ser secretario personal.
[1] En esos años continúa colaborando en La Tarde y también escribe en la madrileña Gaceta Literaria de Giménez Caballero.
En 1941 se desplaza a Las Palmas de Gran Canaria, donde mantiene estrecha relación con la intelectualidad isleña, especialmente con Pedro Perdomo Acedo, Simón Benítez Padilla y Ventura Doreste.
En esos años crea también la Colección de Ensayistas, con el mismo formato que la anterior y dirigida por Ventura Doreste.
Además de la labor puramente editorial, Juan Manuel Trujillo destacó especialmente como crítico y ensayista.