La palabra Junín proviene del vocablo quechua Shunin, Xunin, Sunin o Suni.
Su significado es de "zona alta y llana" o "lugar donde hace frío".
A la llegada de los españoles, el dominio del Zipa se extendía de sur a norte desde Tibacuy, Pasca y Quetame hasta Saboyá; por el noreste llegaba hasta Chocontá, Ubaté y Fúquene; de oeste a este se extendía desde Facatativá, Zipacón y Tena hasta Gachalá.
Es probable que su vecindario hubiese sido anexado a la parroquia de Chipazaque.
Estas geoformas coronan un relieve montañosos estructural denudativo, conformado por laderas erosionales y estructurales de muy empinadas a muy escarpadas e intercalaciones de cenizas volcánicas combinados con relieves colinados estructurales y coluvios con menores pendientes y mejores suelos, algunas veces recubiertos por cenizas volcánicas.
También se encuentran numerosas lagunas tales como La Bolsa, Juan Vaca, Tembladares, El Soche y Larga.
Además de su cabecera municipal, Junín tiene bajo su jurisdicción los siguientes centros poblados: